Kiểm toán công tác hoàn thuế GTGT năm 2017:

Kiến nghị khắc phục những bất cập về chính sách,

pháp luật

Chính sách và pháp luật chưa đồng bộ

Theo đánh giá của KTNN, công tác ban hành chính sách hoàn thuế GTGT còn chưa đồng bộ giữa Luật Thuế GTGT, các nghị định và thông tư hướng dẫn; một số văn bản hướng dẫn chưa rõ ràng dẫn đến cách hiểu khác nhau, thậm chí còn có hướng dẫn chưa phù hợp quy định của pháp luật; một số văn bản trả lời người nộp thuế còn chung chung, chưa rõ và chưa cụ thể về những vấn đề người nộp thuế vướng mắc… Điều này đã gây ảnh hưởng không nhỏ đến công tác hoàn thuế của cơ quan thuế và người nộp thuế, làm giảm hiệu quả của chính sách thuế. 

Nghị định số 100/2016/NĐ-CP (Nghị định số 100) không quy định rõ thời điểm người nộp thuế cung cấp giấy phép kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện. Trong khi thực tế có những DN đang đầu tư thì không được cơ quan cấp giấy phép vì chưa hoàn thành cơ sở vật chất, điều kiện về phòng cháy chữa cháy…, đến khi dự án đầu tư đã hoàn thành, đủ điều kiện để được cấp giấy phép thì dự án đã đi vào hoạt động, do vậy không được hoàn thuế GTGT theo khoản 2, Điều 1 Nghị định số 100. Điều này chưa phù hợp với tình hình thực tế.

Tại Tiết a, Điều 3 Thông tư số 130/2016/TT-BTC (Thông tư số 130) nêu “Cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư (…trừ dự án đầu tư xây dựng nhà để bán hoặc cho thuê mà không hình thành tài sản cố định)”. Nhưng hiện nay, đối với các dự án BT (xây dựng - chuyển giao) không hình thành tài sản cố định nhưng vẫn được hoàn thuế GTGT và số đã hoàn thực hiện năm 2017 phát hiện qua kiểm toán là 306,8 tỷ đồng.

Thông tư số 130, tại điểm c.1, khoản 3, Điều 1 có quy định: “Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật. Các hồ sơ đề nghị hoàn thuế dự án đầu tư nộp từ ngày 01/7/2016 của cơ sở kinh doanh nhưng tính đến ngày nộp hồ sơ không góp đủ số vốn điều lệ như đăng ký theo quy định của pháp luật thì không được hoàn thuế”. Tuy nhiên, theo phân tích của KTNN, trong trường hợp kiểm tra trước, hoàn thuế sau, người nộp thuế khi nộp hồ sơ hoàn thuế có thể chưa góp đủ vốn điều lệ, nhưng trước khi cơ quan thuế ra quyết định hoàn thuế, người nộp thuế đã góp đủ vốn điều lệ thì nên hoàn thuế cho người nộp thuế, như vậy mới khuyến khích người nộp thuế đầu tư vào sản xuất kinh doanh.

Tại điểm a, Điều 12 Thông tư số 99/2016/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn về quản lý thuế GTGT quy định: “Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau là hồ sơ thuộc một trong các trường hợp: Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu”, tuy nhiên chưa quy định trường hợp “Người nộp thuế đề nghị hoàn thuế lần đầu cho từng đối tượng hoàn”, điều này có thể sẽ dẫn đến rủi ro về hoàn thuế.

Điều 39, Điều 46 Luật Đầu tư năm 2014 có nêu nội dung về tiến độ thực hiện dự án đầu tư trong Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư. Tuy nhiên, các văn bản hướng dẫn hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư lại không đề cập rõ việc hoàn thuế đối với trường hợp dự án thực hiện theo từng giai đoạn đầu tư.

Một số nội dung quy định chưa thống nhất

Kết quả kiểm toán cũng chỉ ra một số nội dung quy định giữa các văn bản luật, nghị định và thông tư còn chưa thống nhất.
Theo Luật số 106/2016/QH13, Nghị định số 100 chỉ quy định 2 trường hợp hoàn thuế GTGT là Cơ sở kinh doanh thành lập mới từ dự án đầu tư và Cơ sở kinh doanh đang hoạt động có dự án đầu tư mới khác địa bàn tỉnh, thành phố đang hoạt động, song Thông tư số 130 lại quy định 3 trường hợp hoàn thuế đối với dự án đầu tư. Trong đó, thêm trường hợp là Cơ sở kinh doanh đang hoạt động có dự án đầu tư cùng tỉnh, thành phố đang hoạt động, nhưng không phân biệt dự án đầu tư mới hay dự án đầu tư mở rộng, dẫn đến các dự án đầu tư mở rộng cũng được hoàn thuế GTGT.

Luật số 106/2016/QH13 không quy định về “Dự án chưa đi vào hoạt động”, song Nghị định số 100 và Thông tư số 130 có quy định trường hợp hoàn thuế đối với “Dự án chưa đi vào hoạt động”, dẫn đến một số dự án đã hoạt động, phát sinh doanh thu nhưng người nộp thuế xác định doanh thu phát sinh là doanh thu chạy thử để hoàn thuế cho dự án, trong khi Nghị định và Thông tư không quy định rõ việc chạy thử. Mặt khác, Nghị định và Thông tư chưa làm rõ quy định về dự án chưa đi vào hoạt động, gây khó khăn cho công tác phân loại và tổ chức hoàn thuế của cơ quan thuế.

Luật số 106/2016/QH13 không quy định đối với trường hợp hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư phải có thời gian đầu tư (trên 1 năm), song Nghị định số 100 và Thông tư số 130 nêu “...nếu thời gian đầu tư từ 1 năm trở lên thì được hoàn thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm… Trường hợp, nếu số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT” nên ngành thuế vẫn cho hoàn đối với dự án có thời gian đầu tư dưới 1 năm nếu có số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 300 triệu đồng trở lên.

Qua kiểm toán, KTNN cũng đã phát hiện một số văn bản hướng dẫn chưa phù hợp với quy định pháp luật về hoàn thuế GTGT hiện hành.
Cụ thể, hướng dẫn tại điểm 1, mục III, Thông báo số 6294/TB-TCT ngày 23/11/2016 của Tổng cục Thuế về kết quả Hội nghị tập huấn và giải đáp thắc mắc, trong đó có trả lời về nội dung “Trường hợp kỳ đề nghị hoàn vừa chịu sự điều chỉnh của Thông tư 26, vừa chịu sự điều chỉnh của Thông tư 130 thì việc xác định số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được áp dụng Thông tư số 130”. Như vậy, hướng dẫn trên không đúng hiệu lực thi hành của Thông tư số 130.

KTNN cũng đánh giá, hướng dẫn tại điểm 7, Công văn số 10492/BTC-TCT ngày 30/7/2015 của Bộ Tài chính về việc tăng cường công tác quản lý hoàn thuế GTGT quy định không hoàn thuế GTGT đối với “Doanh nghiệp kinh doanh đối với những hàng hóa, dịch vụ kinh doanh có điều kiện nhưng không đáp ứng được điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Doanh nghiệp, Luật Đầu tư” là không phù hợp với khoản 7, Điều 1 của Luật số 31/2013/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT quy định các trường hợp được hoàn thuế GTGT (không đề cập đối với những hàng hóa, dịch vụ kinh doanh có điều kiện). Mặt khác, tại khoản 3, Điều 1 Luật 106/2016/QH13 chỉ đề cập đến “Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế GTGT mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án đầu tư sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp: kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư hoặc không bảo đảm duy trì đủ điều kiện kinh doanh trong quá trình hoạt động”.

Qua kiểm toán, KTNN đã kiến nghị Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế trong thẩm quyền của mình sửa chữa, thay thế, hủy bỏ những quy định còn bất cập, bổ sung những hướng dẫn cụ thể, chi tiết hơn; đồng thời, rà soát trình Chính phủ điều chỉnh, bổ sung các quy định có liên quan trong công tác hoàn thuế còn chưa rõ ràng, hợp lý nhằm tạo sự thống nhất trong chỉ đạo và tổ chức thực hiện.